与在京大时期一样，钱先生在西南联大主讲中国通史，也吸引了大批学生，内迁西南的各个高校都纷纷请他讲学。傅斯年曾是国学大师黄侃门下的高足，也是胡先生最得意的学生之一。30年代，钱先生任教京大时，即与傅斯年相识。钱先生与他在学术观点上又是同不胜异的。
在钱先生看来，考古派迷信地下出土材料而将古代典籍抛之脑后，这做法与疑古派一味疑古、否定典籍同样有害，甚至有过之而无不及。在西南联大时期，随着钱先生自己史学理论体系的日渐成熟，对史料考据派进行了全面批评。为此，作为学派领袖的傅斯年对钱先生的攻击自然不会高兴。京大复校，钱先生不在被邀之列，这恐怕是重要原因之一。二人终于未能成为真正的“同道”。至此，钱先生告别了京大，与傅斯年分道扬镳了。
由于钱先生早已名重学林，所以各高校争欲聘请。他往返于各地之间，在几个大学讲学著述；1947年，家乡的江南大学正式成立，应荣德生先生之邀，翌年春，出任江南大学首任文学院院长兼历史系主任一职。
钱先生是国学大师，晚年的时候，他曾写了一部《师友杂忆》，书中，有一部分章节记述了自己的教育经历，其中给我们留下深刻印象的，是他读中学时的一次考试。那是一次地理考试，只有4道题，满分100分，每道题25分，钱先生拿到试卷后，从第一道题开始审题，审到第三道题的时候，他兴奋了。
原来啊，这道题的内容是关于长白山地势军情的，他对这个问题一直很感兴趣，此前曾读过很多这方面的资料，所以看到这道题之后，便情不自禁地开始答题，而且不是“为了答题而答题”，完全是兴之所至，洋洋洒洒地尽情挥毫，早已经忘了自己当时是在考场上。也不知过了多久，他总算把这个题目答完了，便从头到尾开始检查，可就在此时，交卷的铃声响起，可他只顾着全神贯注地答第三道题，余下三道题，他一个字也没写，但已经来不及了，只好悻悻地把卷子交了上去。
按照常理推算，钱先生的这次考试，是不能及格了，因为他只答了四分之一的题，即使那道题给他满分，他也只能得25分。可是，卷子发下来后，钱先生惊讶地发现自己竟然得了75分!
原来，负责这次判卷的是史学大师吕思勉，吕先生看到钱先生的卷子后，发现他虽然只答了一道题，但这道题答得特别出色，论证合理、充分，对于一个中学生，能做到这一点，实在是难能可贵。吕先生素有爱才之心，他就钱先生的这道题写了长长的批语，对钱先生的答案给予了高度肯定，同时也指出了其中的不足之处，并给出了75分的成绩，使钱先生仅凭一道题就及格了。
由此可以看出，作为评卷人的吕思勉，并没有按照僵化的规定去评卷，而是用灵活的方式，对学生的创造力进行鼓励。
1949年钱先生虽没有赴岛，却也因为忧心时局，与不少知识分子经广州去了南港。在南港，自认是流亡知识分子的钱先生，除在徐复观主持的《民主评论》发表文章外，又与谢幼伟、唐君毅、崔书琴等学者，借用华南中学在九龙伟晴街的课室三间，筹办“亚洲文商夜学院”，实现为中国人办教育的目的。
1956年钱先生为新亚书院争取到美国方面每年2.5万美元的补助，解除了新亚书院的经济危机。1963年，南港政府邀请新亚书院、崇基书院、联合书院合并组成一所新大学——南港中文大学。中文不是语文的意思，而是文化之意。
据说当时想了很多名字—中国大学，中华大学，最终还是钱先生坚持，“不如叫中文大学”。钱先生还坚持必须由中国人担任校长，为此曾与港英政府斡旋良久，“所争乃原则性者，他日物色校长人选，余决不参一议。”当时港英政府派来商议的英国人富尔敦，通粤语，读中国书，曾说钱先生“君心如石，不可转也。”当时，钱先生期待的是，自此中文在南港再不受轻视。“山岩岩，海深深，地博厚，天高明，人之尊，心之灵，广大出胸襟，悠久见生成，珍重，珍重，这是我新亚精神。”这首广为流传的《新亚校歌》，歌词是钱先生亲自写的。“南港原来是殖民地社会，钱先生办了新亚，才有一个学校专门来研究中国文化、中国历史，这个影响很大。
后来新亚成为南港中大的一部分，确实也有很重要的意义。”钱先生心心念念的，是中国在那个年代仍然无法统一，“他说作为中国人，我们怎么能不站在中国人的立场？”当年新亚在三座书院中名声最大，港英政府十分倚重。钱先生提出的所有条件，几乎全被接受。除了校长由中国人担任，校名定为“中文大学”，他还与富尔敦约定，新亚研究所将成为南港中大“第一研究所”，并写入新大学创建法规中。
但南港中文大学成立后，钱先生称需要时间进行学术研究，露出倦勤迹象。另一方面，中文大学呈现集中发展的趋势，成员背景复杂，办校理念与钱先生主张应联合书院成立大学组织的想法相左，一时引发议论。钱先生多次请辞不成，只好向新亚书院请长假表态。
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