然而一切的平静都在1968年8月被打破了，希望镇突然爆发疾病，黑色守望随即将全镇封锁，将近70%的居民被感染，剩下的人则被隔离在镇内等死。将近一年人间地狱般的日子过去，到了1969年7月，除一人以外，希望镇上四百多名居民全部死亡。
唯一的生还者名为伊丽莎白•格林，即游戏中的紧身衣马尾女，而她在被发现时已经怀有身孕。黑色守望的清除行动随即开始，他们将伊丽莎白-格林带走，并用核弹将整个希望镇夷为平地。当时负责清除行动的是独臂将军彼得•兰德尔中尉，他在强行带走伊丽莎白-格林的时候被她抓伤了手臂，兰德尔为制止感染，毫不犹豫自断左臂，这就是他独臂的原因，而且他还因为湮灭证据有功而晋升为少校，并在后来成为将军，成为了黑色守望的最高指挥官。
希望镇事件发生之后，黑光计划停止，黑色守望部队的最高宗旨被更改为“探查并消灭美国国土上的一切未知病毒活动，不论人为或自然原因”。
伊丽莎白-格林在次月被转往位于马里兰州迪崔克堡的黑色守望基地，并在那里产下一名男婴，黑色守望赋予其代号“贱民”，并将其从母亲身边带走。格林在随后几十年中属于与外界完全隔离的情况。有证据显示，她在此期间没有成长发育，没有流汗，没有肌肉抽搐，甚至没有眨眼，处于完全静止的状态，好像在等待着什么。
伊丽莎白-格林被称作天然的病毒库，各种病毒的变异菌株在她的身上源源不断的产出。时间到了1980年，雷蒙德•麦克马伦博士创立了GENTEK，并成为了黑色守望的下属研究机构，他认为黑色守望短视，认不清黑光病毒的价值，于是重启黑光计划，并将伊丽莎白-格林转至GENTEC的研究中心，从她身上研究病毒的新进化品种，其中即有最为关键的DX-1118号病毒。
并在后来招募了“主角”艾历克斯•墨瑟，以及后来成为Alex女友的卡伦•帕克，。之后，黑色守望发现GENTEK重启了禁忌的实验，意图弹压，此时的艾历克斯•墨瑟也察觉到了GENTEC公司对待某些知道过多科学家的方式，为了活命Alex偷取了一小瓶病毒样品，希望以此为筹码换取自由，却在车站遭遇了前来拦截的便衣特工。走投无路的艾历克斯•墨瑟摔碎了瓶子释放了病毒，自己也被当场射杀。
由于是在车站，当时就有许多市民被感染，曼哈顿的大规模疫情暴发也就此埋下了伏笔。艾历克斯•墨瑟在车站被射杀的时候就已经身亡，接下来在停尸房醒过来的，大家一直在游戏中操控的东西根本不属于人类，它是破碎瓶中的病毒沾上艾历克斯尸体之后对其外形及性格的继承，游戏标题“原型体”也指的是他。在游戏的某关，也可以听到将军的话：“不！已经不能用'他'来称呼！应该是'它'！”后来的电话中，也可以看到艾历克斯和他的“合作者”的对话：“啊…你已经不是人类了，你是黑色守望者的病毒而已。”
游戏越发展下去，游戏的内涵也就越明了：人类对于自己犯的错误只是掩盖再掩盖，实在掩盖不住了，就不惜代价毁掉。而刚刚出生18天的病毒“Alex”却知道要保护某些东西：保护自己的“妹妹”，保护人类文明不被毁灭。
不知多久的沉默之后我和师母再次四目对视，我忍不住大声问道，“师母难道在实验室里发现了某种远古病毒的踪迹？教授这次来大熊山的真正目的并不是天熊而是病毒？”
师母没有回答,不是师母不知道答案而是这个教授一直隐藏的真相我现在还不能知道。
病房里的气氛有些凝重,一切好像早都安排好的一样,我偏偏只会玩一个游戏,这个游戏偏偏是黑色守望,我突然很想笑可是这样很不礼貌,停顿了半分钟我转身来到窗前,透过窗子看向外面无边的黑夜。
我现在唯一盼望的就是教授快点好起来,我们快点解除隔离回到金陵,然后我才有机会有资格更加接近事情的真相。
我不再追问是因为师母不能再说,仅此而已。
我从不会受到别人的吵闹,我也不喜欢去吵闹别人,我此刻心里盘算的是自己对于门外的盗墓贼身份判断的失误,外面那个阴冷腐朽味道的高个子绝不仅仅是一个盗墓贼那么简单,他一定有着极其隐秘的多重身份。
看来还是我太单纯了。
唐婉不能来也没有来,好在我们面对的不全都是坏消息,包括教授在内我们全体深度接触人员都没有感染远古病毒,于是三天后我们一行三人启程回金陵。
虽然全部解除隔离可是我们还是要尽量远离人群,回到金陵也还要自我隔离一周然后再做检查才行,所以我们没有坐飞机火车而是选择自己开车。
车是唐婉那台,开车的只能是师母,我本来是想陪在后座照顾教授结果教授却给我使眼色坐在副驾驶跟师母聊天,长途驾驶容易疲劳,尤其是女司机,反正教授的眼神表明他对师母的车技并不放心。
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